2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

zhongguoshuilishuidiankexueyuanyanjiuyuanjiaoshoujigaojigongchengshichengxiaotaoduijizhejieshi，haiheliuyushuikuzhongduo，daxiaobuyi，jibiebutong，dazhongxingshuikuxiehong，xuyaoshangbaohaiheshuiliweiyuanhui，shuilibumeitianyuzhihuishang，erxiaoxingshuikubuxuyaozouzheyiliucheng，“xiaoshuikunenglitiaodunengliyouxian，yidanfaxianyaomanba，qubaogaohuilaibuji”。中(zhong)国(guo)水(shui)利(li)水(shui)电(dian)科(ke)学(xue)院(yuan)研(yan)究(jiu)院(yuan)教(jiao)授(shou)级(ji)高(gao)级(ji)工(gong)程(cheng)师(shi)程(cheng)晓(xiao)陶(tao)对(dui)记(ji)者(zhe)解(jie)释(shi)，(，)海(hai)河(he)流(liu)域(yu)水(shui)库(ku)众(zhong)多(duo)，(，)大(da)小(xiao)不(bu)一(yi)，(，)级(ji)别(bie)不(bu)同(tong)，(，)大(da)中(zhong)型(xing)水(shui)库(ku)泄(xie)洪(hong)，(，)需(xu)要(yao)上(shang)报(bao)海(hai)河(he)水(shui)利(li)委(wei)员(yuan)会(hui)，(，)水(shui)利(li)部(bu)每(mei)天(tian)与(yu)之(zhi)会(hui)商(shang)，(，)而(er)小(xiao)型(xing)水(shui)库(ku)不(bu)需(xu)要(yao)走(zou)这(zhe)一(yi)流(liu)程(cheng)，(，)“(“)小(xiao)水(shui)库(ku)能(neng)力(li)调(tiao)度(du)能(neng)力(li)有(you)限(xian)，(，)一(yi)旦(dan)发(fa)现(xian)要(yao)漫(man)坝(ba)，(，)去(qu)报(bao)告(gao)会(hui)来(lai)不(bu)及(ji)”(”)。(。)