这种“雇佣军模式”带来的直接副作用是：项目选择方向的失衡和错位。站在科研单位角度，其对主要领域的发展方向和路线选择缺乏决定权，自身也没有足够资源布局。“有时单位想上的项目没有被批准，不太想上的反而被批准了，感觉项目能否被批准有相当大的随机性，所以干脆就把所有想做的、不想做的，着急的、不着急的项目都一口气报上去，看哪个能中。这就是为什么基础研究多年来的经费使用效益低下，因为选题并不是最好的，只能出小成果，出不了真正有价值的成果。”前述基础研究所所长说。

beiyuegongbaohaiwuduanzhizezhongguo“mimikuodahewukubingshiqiduoyanghua，yongyougengduodantouhegengduoxianjindeyunzaixitongyijianlisanweiyitihedajinengli，zaihejunbeikongzhihuojiangdifengxianfangmianchengyibuzu，yousun《bukuosanhewuqitiaoyue》demubiao”。北(bei)约(yue)公(gong)报(bao)还(hai)无(wu)端(duan)指(zhi)责(ze)中(zhong)国(guo)“(“)秘(mi)密(mi)扩(kuo)大(da)核(he)武(wu)库(ku)并(bing)使(shi)其(qi)多(duo)样(yang)化(hua)，(，)拥(yong)有(you)更(geng)多(duo)弹(dan)头(tou)和(he)更(geng)多(duo)先(xian)进(jin)的(de)运(yun)载(zai)系(xi)统(tong)以(yi)建(jian)立(li)三(san)位(wei)一(yi)体(ti)核(he)打(da)击(ji)能(neng)力(li)，(，)在(zai)核(he)军(jun)备(bei)控(kong)制(zhi)或(huo)降(jiang)低(di)风(feng)险(xian)方(fang)面(mian)诚(cheng)意(yi)不(bu)足(zu)，(，)有(you)损(sun)《(《)不(bu)扩(kuo)散(san)核(he)武(wu)器(qi)条(tiao)约(yue)》(》)的(de)目(mu)标(biao)”(”)。(。)