但绝对自由下，也有绝对的残酷。北生所内部评估非常严苛，每5年进行一次，评估标准为学术成果是否有足够国际影响力。受邀参与评估的“国际小同行”数量至少10人，需要匿名书面回答三个问题：依据过去5年工作，北生所的课题负责人在你所在的研究所、大学能否得到晋升？这5年的研究成果，有没有对你所在的科研领域产生影响？课题负责人所做工作和今后打算要做的事情，能不能使其成为该领域中的领军人物？第一次评估，前两个问题必须通过；第二次评估，三者都要满足。首次评估通过后，实验室经费升至每年300万元，如果评估失败，实验室主任和手下全部人员都要离开。“所以我们是铁打的营盘、流水的兵，实验室主任的权责利是一致的。”王晓东说。

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