另一个最核心问题，就是钱从哪儿来？关于提高稳定经费比例的建议，身为全国人大代表的王贻芳已经在两会上呼吁了多年，但收效甚微。他分析，改革障碍可能与中国多头的科研管理体制有关。现有体制以项目为核心，各类不同的竞争性项目分别出自科技部、基金委、发改委等多部门，它们只会盯紧自己手里的项目经费，既没有动力，也缺乏能力去全局推动。也因此，近年来只有零星的碎片式改革，比如中科院内部在数学与系统科学研究院试点稳定经费支持等。